Al hablar de investigación clínica en seres humanos (pacientes), es importante explicar ¿Qué es un protocolo de investigación? cuya respuesta no es más que una serie de estudios con la finalidad de responder preguntas específicas acerca de eficacia, eventos adversos, seguridad y superioridad de nuevos medicamentos o dispositivos de tratamiento para alguna enfermedad específica, lo que nos permite generar nuevos conocimientos en beneficio de la salud del paciente.

En la actualidad el Instituto de Salud Digestiva y Hepática participa en protocolos de investigación clínica de tratamientos para enfrentar enfermedades hepáticas como el virus de la hepatitis C, cirrosis hepática por hígado graso no alcohólico y alcohólico, así como también enfermedades digestivas de etiología autoinmune como colitis ulcerativa.